子宫内膜异位症可从排卵、受精、受精卵着床的各个环节影响妊娠。因此，子宫内膜异位症的一个临床变现就是不孕症。
排卵环节：部分患者在卵泡成熟准备排卵的时候，发生了卵泡*素化，而最终卵泡却没有排出去。但是在进行基础体温检测以及排卵试纸检测方面，都是和正常排卵是一样的。卵巢的激素分泌也是和正常排卵一样。B超下可看到卵巢逐渐成熟，但是在原地发生萎缩*素化。
卵子运输环节：子宫内膜异位症的患者，一部分人会发生盆腔粘连，输卵管粘连甚至不通畅。输卵管功能不良，不能把精子运输到预定的部位与卵子相遇。
受精环节：内异症患者尤其是有痛经的患者，腹腔的内环境比较差，有大量的炎症因子的存在，对精子、受精卵是有危害的，会吞噬精子和受精卵。
着床环节：现在有一种理论叫在位内膜决定论。一个人之所以会得内异症，主要是在位的内膜本身有问题，在位内膜有异常，就会影响到受精卵的着床。
子宫内膜异位症虽不是大病，但对于准备生育的女性应引起重视。当你出现进行性加剧痛经、月经过多、性交疼痛等症状，医院的妇科检查，明确是否子宫内膜异位症。专家建议，患有子宫内膜异位症的女性朋友，在怀孕前应先进行治疗。